A légkondicionálók hűtőbordái, illetve a kondenzvíz rendszere megfelelő fertőtlenítés nélkül kiváló életteret biztosíthat baktériumok, vírusok, gombák egyszóval a mikroorganizmusok számára. A téli hónapokban mikor a légkondicionálók nincsenek bekapcsolva, illetve ha a klímaberendezésben lerakódik a por, kosz és egyéb szennyeződés, könnyen felszaporodhatnak a mikroorganizmusok. A légkondicionálók üzemelése közben ezek a kórokozók a levegővel együtt keringenek, melyeket így belélegzünk. A legelterjedtebb kórokozók az Aspergillus fumigatus, Penicillum, Brucella melitenses, melyek allergiás tüneteken kívül akár hőemelkedést, lázat, légúti megbetegedéseket, máj/lép/nyirokcsomó nagyobbodást, súlyveszteséget is okozhatnak. A baktériumok közül a legveszélyesebb a Legionella pneumophilla, mely a légiós betegség kórokozója. Magyarországon évente átlagosan 50-80 ember betegszik meg legionellózisban, 4-5 ember meghal ebben a betegségben. Hozzávetőlegesen 10-14 esetben sikerül igazolni, hogy a megbetegedést a légkondicionáló idézte elő. A légkondicionálókat nem elegendő karbantartási szinten tisztítani, hanem rendszeresen, legalább évente megfelelő fertőtlenítő anyaggal fertőtleníteni kell.